Het maken van een fylogenetische stamboom op basis van aminozuursequenties in 10 stappen:
1. Ga naar http://mrs.cmbi.r_u.nl/m6/
2. Kies de databank: Swiss prot
3. Typ de Engelse naam van het eiwit (bv insulin) en daarna os:human
Alle eiwitten van de mens met een op insulin lijkende naam verschijnen.
Gegevens over de eiwitten krijg je door op de ID te klikken
Kies er eentje uit (een subunit bv).
4. Klik op Blast
Even wachten en een aantal hits wordt gemeld van het gekozen eiwit in allerlei organismen
5. Klik op het resultaat en de lijst verschijnt
6. Klik op de ID van een eiwit en er verschijnen weer allerlei gegevens, helemaal onderaan de aminozuursequentie
7. Kopieer de aminozuurvolgorde
8. Open een word document, typ >soortnaam ( bijvoorbeeld >mens of > champignon). De soortnaam mag maar uit een woord bestaan.
Toets Return (Enter).
Plak de aminozuurvolgorde direct onder de soortnaam
Weer Return, nieuwe naam (na een>), aminozuursequentie, etc etc, net zoveel als je er wilt
Verwijder alle spaties (mbv Vervangen)
Kopieer alle sequenties, inclusief de namen.
9. Ga naar http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
Plak je aminozuursequenties in het bedoelde veld
Klik op Submit
Even wachten en de álignment verschijnt
10.Ga naar de tab Guide Tree
Helemaal onderop: de fylogenetische boom van jouw organismen, gebaseerd op het door jou gekozen eiwit..
1. Ga naar http://mrs.cmbi.r_u.nl/m6/
2. Kies de databank: Swiss prot
3. Typ de Engelse naam van het eiwit (bv insulin) en daarna os:human
Alle eiwitten van de mens met een op insulin lijkende naam verschijnen.
Gegevens over de eiwitten krijg je door op de ID te klikken
Kies er eentje uit (een subunit bv).
4. Klik op Blast
Even wachten en een aantal hits wordt gemeld van het gekozen eiwit in allerlei organismen
5. Klik op het resultaat en de lijst verschijnt
6. Klik op de ID van een eiwit en er verschijnen weer allerlei gegevens, helemaal onderaan de aminozuursequentie
7. Kopieer de aminozuurvolgorde
8. Open een word document, typ >soortnaam ( bijvoorbeeld >mens of > champignon). De soortnaam mag maar uit een woord bestaan.
Toets Return (Enter).
Plak de aminozuurvolgorde direct onder de soortnaam
Weer Return, nieuwe naam (na een>), aminozuursequentie, etc etc, net zoveel als je er wilt
Verwijder alle spaties (mbv Vervangen)
Kopieer alle sequenties, inclusief de namen.
9. Ga naar http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
Plak je aminozuursequenties in het bedoelde veld
Klik op Submit
Even wachten en de álignment verschijnt
10.Ga naar de tab Guide Tree
Helemaal onderop: de fylogenetische boom van jouw organismen, gebaseerd op het door jou gekozen eiwit..